Khối lượng thực tế thi công khác nhiều so với thiết kế và có thể gây ra thất thoát vốn nhà nước.
Đặc biệt hầu hết các gói thầu đều thực hiện chỉ định thầu, trong đó có 2 gói thầu lớn nhất là gói thầu số 11, tổng xây lắp với giá trị 410.061.442.791 đồng, do Tổng công ty xây lắp dầu khí đảm nhiệm, gói thầu số 14 cung cấp thiết bị đồng bộ 3Roll-bending, với giá trị 52.675.000 EUR được chỉ định cho nhà thầu HAEUSLER (Thụy Sỹ) cung cấp và nhiều các sai phạm khác đã được nêu trong báo cáo kết quả thanh tra. Trong báo cáo kết quả thanh tra cũng cho rằng việc chỉ định các gói thầu đối với công trình này đặc biệt đối với gói thầu cung cấp thiết bị được chỉ định cho nhà thầu nước ngoài là vi phạm nghiêm trọng Luật đấu thầu. Trước các sai phạm đó ngày 09/4/2012 Chánh Thanh tra Bộ Xây dựng đã kết luận thanh tra số 208/KL-BXD-TTr, trong kết luận thanh tra, tại mục 2.1 có nêu: “Đề nghị Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm trách nhiệm tập thể và cá nhân trong Hội đồng quản trị và ban giám đốc Tập đoàn dầu khí Quốc gia Việt Nam trong việc ban hành các văn bản, chỉ thị cho các đơn vị cấp dưới thực hiện chỉ định thầu trái với Luật đấu thầu (đã được nêu trong bao cáo kết quả thanh tra).
Kết luận này cũng được gửi đi nhiều cơ quan, nhiều tờ báo thời gian đó cũng đưa tin về vấn đề này, nhưng rồi tất cả đã rơi vào im lặng; để rồi 5 năm trôi qua, người ký ban hành Nghị quyết cũng chuyển nhiều vi trí công tác khác nhau, nhiều người kế cận cũng thực hiện việc chỉ định thầu bao nhiêu công trình cũng không kiểm tra được! Cũng may mà hiện nay Ủy ban kiểm tra trung ương nêu ra vấn đề này, rõ ràng trách nhiệm còn thuộc về nhiều tổ chức, cá nhân có thẩm quyền trong công tác quản lý nhà nước đã không ngăn chặn kịp thời, hoặc im lặng, không báo cáo cấp trên và dẫn đến tình trạng như hiện nay.
